故事发生在一个存在着不同生命形式的宇宙中，有人类，人类的守护者仙宫，遥远的杰诺瓦一族，还有大片广阔的未知区域......各种原始的力量形式交织在宇宙之中，凤凰之力、宇宙魔方、洛基权杖......传说，他们都拥有颠覆宇宙的力量。在人类世界中几大集团相互牵制，有以研究军事化武器为主的军工集团斯塔克、以研究生命基因为主的生化集团神罗、为维护社会安全建立的政府机构神盾局和神罗为能源掠夺建立的军事基地能源要塞。除了普通民众之外，变种人、强化人、神罗特种兵和人工智能机器人也存在于人类社会之中，他们被四大集团视为强有力的战斗资源，在不断暗中发展的同时依旧维持着表面脆弱的和平。直到有一天，神罗公司用外星生命杰诺瓦的基因秘密研究与人类基因杂交并制造出了萨菲罗斯，为了树立自己的霸主地位，神罗公司大肆鼓吹变种人威胁论，并暗地派出机器人对变种人实施剿灭，变种人遭遇到了前所未有的生存危机。这一切在萨菲罗斯发现自己的身世秘密的那一天发生了转折，他误以为自己是古代种赛特拉的后代，开始憎恨人类，为了将本来属于古代种的星球从人类手中夺回来，萨菲罗斯打开了与杰诺瓦一族连接的大门。眼看着恶魔降临人间，地球生命源遭到了污染，仙宫中人及时出现联合众人对抗恶魔的入侵……